本站原创福建省农业科学院农业工程技术研究所系“国家食用菌加工技术研发分中心”依托单位、“海西食用菌加工产业技术创新战略联盟”理事长单位、中国农学会农产品贮藏加工分会副主任委员单位、福建省食用菌学会副理事长单位.现有在职职工58人,高级职称18人,其中研究员6人,博士、硕士26人,享受国务院政府特殊津贴3人、福建省杰出科技人才1人、福建省百千万人才工程人选3人.主要开展农产品加工技术及农业工程技术研究,先后承担和完成了国家科技支撑项目、国家科技成果转化项目、国家发改委项目、农业部“948”项目等国家级项目20多项,省部级项目50多项,获国家科技进步奖三等奖2项、国家技术发明奖二等奖1项、省部级科技进步奖一等奖1项、省部级科技进步奖二等奖7项、福建省科技进步奖三等奖9项；拥有知识产权49项,其中授权国家发明专利28项、商标1个；在国内外（含SCI、EI等）学术刊物上发表论文300余篇,撰写科技专著6册.
福建省农业科学院农业工程技术研究所在食用菌加工及功能营养产品的开发方面处于领先地位,具备从动植物、微生物学、食品营养化学以及食品加工等多学科领域开展功能食品资源利用技术研发的潜力,取得省部级科研成果5项,其中获得国家技术发明二等奖1项、省部级科技成果一等奖1项、二等奖1项、三等奖2项；申报国家专利20多项,已获得授权15项；发表论文100余篇.另外,在福建省各地建立了多个技术成果中试示范基地和技术应用推广基地,与福建嘉田农业开发有限公司、福建绿宝集团食品有限公司、福建闽西好食品有限公司、尤溪绿田园生物科技有限公司、福建省华源菌业科技有限公司、福建新味食品有限公司、福建福鼎市大地生物工程有限公司、福建亿丰食品有限公司等农产品加工龙头企业建立了长期稳定的合作关系.现已开发了“富硒葛苓羹” 、“葛菇粉丝”、“虫耳胶囊”、“虫菇胶囊”、“虫茸胶囊”、“菇的酥”菇纤维饼干、菌蛋白饼干等20多个新产品.
此外,福建省农业科学院农业工程技术研究所与加拿大农业及农业食品部Guelph食品研究中心、荷兰瓦格宁根大学等国际著名科研院所建立了稳定的科研交流平台,开展食用菌等功能营养活性成分的高附加值应用加工技术研发的交流与合作.